A primeira igreja de Junqueirópolis foi construída em 1946. Na ocasião, a cerimônia de bênção da Capela foi presidida pelo Monsenhor Victor Ribeiro Mazzei, então vigário captular da diocese de Cafelândia. Um ano após a criação da diocese de Marília, foi erigida oficialmente a Paróquia Santo Antônio, de Junqueirópolis. O decreto foi assinado em 19 de abril de 1953, por Dom Henrique Gelain, então administrador apostólico de Marília.

O primeiro pároco empossado foi o Frei Justino de Antônio Prado. Logo no primeiro ano de criação, em setembro de 1953, foram realizadas as primeiras santas missões. Na ocasião, a cidade recebeu a visita da imagem de Nossa Senhora de Fátima.
Em 11 de maio de 1958, o então Bispo Diocesano de Marília, Dom Hugo Bressane de Araújo benzeu a pedra fundamental da atual Matriz de Santo Antônio. Durante as primeiras décadas após a criação da Paróquia, diversos padres passaram por Junqueirópolis. Dentre eles, o Frei Afonso Maria de Louveira, o Frei Policarpo Maria de Hamborn, o Frei Aleixo Maria e o Padre Manuel Escalada.

Um momento marcante da comunidade de Junqueirópolis ocorreu em dezembro de 1967. Na ocasião, o Frei José Sales Ramos, nascido na cidade foi ordenado sacerdote. Em 1968, foram realizadas em Junqueirópolis as missões populares redentoristas. Como lembrança dessas missões, foi levantado um cruzeiro de 12 metros de altura, que ainda se encontra em pé até os dias atuais.

Em setembro de 1969 durante a sua visita pastoral, Dom Hugo benzeu solenemente a pintura artistica feita no painel do presbitério. A pintura, intitulada "Glorificação de Santo Antônio", foi feita pelo artista italiano Agostinho Caputi. Além da pintura, o Bispo também benzeu o altar mor, o altar do Santísimo Sacramento, a pia batismal e a imagem de Cristo crucificado.
Em janeiro de 1961 faleceu o Côn. Escalada. O seu corpo foi sepultado no presbitério da matriz, onde se encontra até hoje. Sucedendo ao Côn. Escalada, estiveram nesta Paróquia os seguintes padres: Dionizio Hermoso, José Vicente Vano Belda, Januário Tesouro Ollero, Carlos Callejas Lopes, Miguel Antoni Gramuntell, José Augusto Pereira Brasil, José Afonso Maniscalco, João Carlos Batista, Sidnei de Paula Santos, Sérgio Luiz Roncon, Ivan Carlos Desperate, Edson de Oliveira Lima, Jurandir Fernando de Noronha, Luciano Pontes e o atual pároco Ângelo José Biffi.

Atualmente a Paróquia atende sete comunidades urbanas e três rurais; além do Lar Santo Antônio que se dedica ao cuidado de idosos e o Lar Santa Terezinha Amor e Vida que visa a recuperação de mulheres dependentes do alcoolismo e drogas.